Ortiz,
A empresa realizou uma implantacão do LES com muito desenvolvimento...infelizmente não aconselho seguir a mesma regra 
Posso sugerir a automação automatica do IVA, que seria necessário desenvolver.
Recentemente a Claudia Wada cedeu gentilmente um material sobre o CT-e, ali tem um item que fala sobre impostos e detalhes para CT-e entrada e saída.
Compartilhei através do link abaixo:
Inclusive menciona algumas novidades que achei muito interessante e sao standard 
Mas se ainda tiveres duvida, poste aqui para os colegas poderem ajudar.
Abraços
Karen Rodrigues